El Monasterio de Santa María la Real se fundó en 1141, en un valle, cerca de Sacramenia, donde anteriormente había habitado el popular San Juan de Pan y Agua.

En aquella fecha Alfonso VII, gran protector de la Orden del Cister, estableció dicha orden en Sacramenia, haciendo venir monjes del monasterio de Escala-Dei (Francia), para hacerse cargo de la primera fundación de Bernardos en Castilla y la primera en España fundada expresamente para el Cister. El mismo rey y la mitra segoviana concedieron tierras y diezmos para ayudar a la fundación.

El Monasterio debió levantarse en los últimos años del Siglo XII y primeros del XIII. Pero su definitiva terminación no sucedería hasta casi finalizado el Siglo XIV.

Durante el siglo XV sufrió violencia en sus tierras, en la casa monástica y hasta en los documentos que guardaba en su Archivo, por parte del señor de Fuentidueña, don Pedro de Luna, el abad don García de San Martín, tuvo que huir a Cuevas de Provanco y ante una situación que no podía contener, depuso su cargo de abad ante el Papa Sixto IV.

El abad don Juan de Acebes, en el año 1488, llevó a cabo el trueque del priorato de Cárdaba que pertenecía al la abadía de Arlanza a cambio de otras posesiones. Santa María de Cárdaba quedaba como un coto en régimen de granja del monasterio cisterciense, con jurisdicción civil y criminal, en señal de la cual tenía una horca dentro de su termino, y bajo la justicia del alcalde de las granjas.

El día 20 de noviembre de 1674 hubo un incendio en el Monasterio. "Se quemó la casa y se derritieron las campanas de la torre". Por este motivo se llevó al monasterio una se las campanas del monasterio de Santa maría de la Sierra de Sotosalvos, considerada "la mejor que había en la tierra", había sido fundida en el año 1244.

En el año 1809, un Decreto dictado por José Bonaparte suprime en su totalidad los conventos de varones, siendo incautadas rentas y bienes por la Junta del Crédito Público. En el año 1814 Fernando VII hace restitución de los Regulares a sus Monasterios con todas sus fincas y propiedades. En 1820 los monjes abandonaron el Monasterio (sublevación de Riego). El Monasterio fue vendido a D. Ramón Cano que lo desvalijó. Cuando volvió Fernando VII declaró nula la venta y en el año 1823, los monjes toman posesión de nuevo del Monasterio.

Como consecuencia de la desamortización de D. Juan Alvarez Méndez "Mendizábal" (1835) los bienes de los monasterios se declararon de propiedad nacional y fue ordenada su venta.

A partir de esa época el Coto de San Bernardo es una propiedad privada, aunque la Iglesia del Monasterio no fue incluida en la operación, quedando como propiedad del Estado que la cedió en usufructo al Obispado de Segovia.

La iglesia permanece y es una de las piezas de arquitectura más bella de la provincia. La originalidad de esta iglesia reside en su cabecera formada por cinco ábsides: el central redondo por dentro y por fuera, y dos a cada lado, en tamaño decreciente, curvos por dentro y rectos por fuera. Todos los años se celebra culto el día de San Bernardo (20 de Agosto)

En 1925 fue vendido, desmontado piedra a piedra (más de 35.000) y trasladado a Estados Unidos el claustro, el refectorio y la sala capitular. El comprador fue: William Randolph Hearts. En barco llegaron a Nueva York, coincidiendo con la depresión económica de 1929. Las piedras fueron almacenadas, y se olvidó el proyecto de Mr. Hearts de llevarlo a su rancho californiano. Tras su muerte los herederos las volvieron a vender. Tras 30 años de almacenamiento se realizó una reconstrucción como si de un inmenso puzzle se tratara (1952-1953) el encargado fue Allen Carswell. En 1962 la Diócesis Episcopal del sur de Florida, en Miami, adquirió la propiedad y lo convirtió en un Templo episcopaliano.