Situada entre Pecharromán y Sacramenia la iglesia formó parte del antiguo monasterio de Santa María de Cárdaba que fue un priorato benedictino. La parte de los pies es prerrománica,
en cambio la cabeza es una construcción románica del S. XII. Aunque
algunos autores han apuntado la posibilidad de que se tratara, en principio,
de un monasterio visigodo.
Hoy en día es de propiedad privada y forma parte de la Finca Cárdaba.
Está declarada Monumento Histórico Artístico desde el 22 de febrero de 1996.
DATOS HISTÓRICOS:
 En 937 Fernán
González, Conde de Castilla, y su esposa Doña Sancha hacían
donación de la iglesia de Santa María de Cárdaba al Monasterio
de San Pedro de Arlanza. Estuvo bajo su posesión durante seis siglos.
Como todos los prioratos, se dedicaba a la explotación de las tierras.
En 1176 Alfonso
VIII, reconoce a Arlanza el derecho de poseer en Cárdaba cierto número
de vasallos para aprovechamiento de los monjes. El número de collazos
era de 26 lo que indica una buena población alrededor de la iglesia de
Cárdaba.
En Cárdaba, con
su iglesia y sus vecinos excusados, se llevaba una vida propia de un priorato
benedictino, al frente del cual había dos monjes procedentes de Arlanza:
el "prior" y el "compañero", con la vida de comunidad que las Constituciones
presquibían en lo espiritual y en lo material, dependiendo del abad de
San Pedro de Arlanza.
En el año 1217,
año en el que moría Alfonso VIII, Honorio III por su bula de fecha
21 de septiembre recibía bajo su protección apostólica
al Monasterio de Arlanza y le confirmaba sus posesiones, entre ellas Cárdaba.
Alfonso X el Sabio,
confirmó la donación a Arlanza (1255), se confeccionaron
nuevos documentos en los que se introducía el derecho romano y la utilización
de las lenguas romances.
Se sabe que en 1338,
subsistía en una situación precaria. Respondiendo al estado general
de Castilla en la época del reinado de Alfonso XI.
Santa María de
Cárdaba continuó esta vida como priorato de Arlanza durante los
siglos XIV y XV, Hasta su incorporación al Monasterio de Sacramenia.
En 1488 se convirtió
en granja del Monasterio Cisterciense de Santa María la Real, siendo
abad Juan de Acebes. En los documentos de este año llama la atención,
la alusión que se hace sobre la jurisdicción criminal que poseía
Cardaba. Dicho poder se mantenía en 1556, en un documento de esa
fecha se informa de la existencia, desde siempre, de una horca que se había
derribado y que por auto de justicia había vuelto a levantarse.
Felipe V el 20 de marzo
de 1713 confirmó la posesión de Cárdaba al monasterio
de Sacramenia.
Con el tiempo pasaría
a convertirse en una ermita o capilla dedicada al culto de la Virgen. En el
año 1747 se colocó en la iglesia una imagen de Nuestra
Señora, se hacía fiesta los días de la Natividad de Nuestra
Señora y el del Dulce Nombre de María.
En el año 1755 el coto se tenía en arriendo. En lo eclesiástico la granja de
Cárdaba y, también, las de San Juan y Santa Ana, pertenecían
a la parroquia de San Andrés de Pecharromán.
A partir de la desamortización
de Mendizábal (1835) el coto pasó a ser una propiedad particular.
Hasta hace algún tiempo se ha celebrado la festividad de Santa Apolonia
con fiesta religiosa y romería. Hoy es una gran finca de regadío.
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